Varför heter det kommendantflygeln på Stockholms Slott?

Något direkt svar på din fråga hittades inte. Däremot går det bra, att härleda begreppet.
Enligt uppslagsverket Nationalencykopedin är: "kommendant (fr. commandant, av commander 'befalla')högste befälhavaren inom en fästning eller en större garnison. Chefen för Svea livgarde är t.ex. kommendant i Stockholm.
Kommendantflygeln torde vara den plats där kommendanten har sina lokaliteter.